Viena mazā hidroelektrostacija (HES) var pazemināt ūdens kvalitāti un iznīcināt dabas vērtības, kas Latvijā ir saglabājušās maz skartas līdz pat mūsdienām. Mazās HES atstāj būtisku negatīvu ietekmi uz Latvijas upēm. To pierāda arī veiktās skābekļa analīzes dažās no mazajām HES. Ūdenskrātuvju baseinos vairāk nekā divu metru dziļumā tika novērots skābekļa bads. Upēm pa vidu tiek izveidoti mākslīgi dīķi. Ūdens temperatūra parasti šādos dīķos arī ir daudz augstāka nekā upē. Tas ne tikai maina upes ekoloģiju un veicina aizaugšanu, bet veicina arī papildu ūdens iztvaikošanu. Joprojām netiek ievērots Civillikums, kas paredz slūžu atvēršanu zivju nārsta laikā. "Gandrīz nevienai HES nav izveidoti zivju ceļi, līdz ar to zivju migrācija aizdambētajās upēs ir ierobežota. Jāatzīst, ka dažas no mazajām HES maksā kompensāciju, taču šīs summas parasti ir tikai pāris simti latu. Upē, kurā ir dabiskas ūdens līmeņa svārstības, tās ir pakāpeniskas, un upē mītošie dzīvnieki spēj laicīgi ‘atkāpties’ no izžūstošajiem upes rajoniem. Turpretim mazo HES darbības izraisīto kraso ūdens līmeņa svārstību rezultātā upes gultne paliek sausa īsā laikā (reizēm pat dažu minūšu), un tāda saglabājas ilgstošu laiku atkarībā no mazās HES ‘vajadzības’. Dzīvie organismi, kas paliek upes izžuvušajos rajonos masveidīgi iet bojā – ziemā izsalstot, vasarā no sausuma.
Gaujas augštecē, 91km garā posmā ir 9 mazās HES.